在暗物质星云的边缘，晨光号开始了新一轮的改装。凯拉利用从建筑中获取的技术，将飞船引擎升级为暗物质驱动；瑟兰用残余的光质重构了防御系统；而叶星澜则在共生弦与频率钥匙的帮助下，开发出了全新的频率武器。
三个月后，晨光号再次启航。这一次，他们的目标不再是逃亡，而是主动出击。第一站是人马座方向的一颗废弃行星，探测器显示那里有强烈的暗物质波动。当飞船靠近时，地面突然裂开，无数机械生物破土而出——这些生物的核心，同样嵌着暗红色晶体。
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“看来旧神碎片已经感染了整个星球。”叶星澜将频率钥匙插入控制台，共生弦自动展开成能量网。随着她拨动琴弦，频率武器发出金色音波，所到之处，机械生物纷纷停住动作，暗红色晶体逐渐失去光泽。瑟兰用光质之刃清扫漏网之鱼，凯拉则驾驶飞船进行火力支援。
战斗结束后，叶星澜在行星核心找到了第一块暗物质碎片。当频率钥匙接触碎片的瞬间，整个星球开始重组，荒芜的地表逐渐长出植被，机械生物也恢复成普通动物。“原来碎片的力量可以被净化。”凯拉看着扫描结果，眼中充满希望。
在接下来的两年里，晨光号穿梭于各个星系，净化了十七块旧神碎片。每一次战斗，叶星澜都能更熟练地运用频率之力，共生弦与频率钥匙的共鸣也愈发强烈。但随着收集的碎片增多，他们也感受到一股越来越强的阻力——在银河系中心，一股庞大的暗物质力量正在觉醒。
“那应该是旧神的主意识碎片。”叶星澜看着星图上不断扩大的暗物质云团，“所有的碎片都在向它靠拢。”瑟兰的光质披风猎猎作响：“也就是说，最终的决战要来了。”凯拉启动飞船的超空间引擎，眼中闪烁着坚定：“那就让我们给这场延续千万年的战争，画上句号。”
晨光号划破虚空，朝着银河系中心的暗物质漩涡飞去。这一次，他们不再是孤军奋战——在净化碎片的过程中，他们结识了许多志同道合的文明，这些文明的飞船此刻正与晨光号并肩前行。叶星澜轻抚共生弦，频率钥匙在她胸前散发着温暖的光芒。
银河系中心的暗物质漩涡如同一头苏醒的远古巨兽，不断吞吐着星云。晨光号率领的联合舰队刚靠近，无数由暗物质凝成的巨型触手便破土而出，将几艘小型飞船瞬间绞碎。叶星澜感觉频率钥匙在剧烈震颤，共生弦自动绷紧，发出尖锐的预警音波。
“这些触手的频率和之前的碎片完全不同！”瑟兰的光质披风在暗物质侵蚀下滋滋作响，他挥舞光刃劈开一条触手，却见伤口处迅速再生。凯拉额角渗出冷汗，双手在操控台上飞速敲击：“常规武器对它们无效，必须找到核心弱点！”
叶星澜闭上眼睛，将意识沉入频率的海洋。在混沌的暗物质波动中，她捕捉到一丝熟悉的韵律——那是黑袍人残留的封印频率。共生弦突然迸发出璀璨金光，音波化作锁链缠住最近的触手。“是封印共鸣！”叶星澜猛地睁眼，“大家集中攻击我锁定的位置！”
联合舰队的能量炮齐射，在触手上炸开绚丽的光团。暗物质表面裂开蛛网状的缝隙，露出内部跳动的暗红色核心。然而，就在众人准备乘胜追击时，漩涡中心突然升起一座漂浮的巨城，城墙由扭曲的暗物质构成，城门上雕刻着无数张痛苦扭曲的面孔。
“欢迎来到旧神的囚牢。”冰冷的声音在所有飞船的通讯频道炸响，巨城缓缓展开，露出内部悬浮的巨型祭坛，“你们以为收集碎片就能终结一切？那些不过是我故意散落的诱饵。”祭坛中央，一个由暗物质凝成的身影缓缓成型，他的面孔不断变化，时而化作黑袍人，时而变成审判者号上的黑雾巨影。
瑟兰的光质披风暴涨，形成巨大的护盾：“他在吸收所有碎片的力量！星澜，频率钥匙......”话未说完，暗物质身影抬手一挥，无数黑色光箭穿透舰队的防御，十几艘飞船瞬间化作宇宙尘埃。叶星澜感觉频率钥匙的温度几乎要灼伤皮肤，血色符文再次浮现，与暗物质身影胸口的印记遥相呼应。